2004年，俄羅斯總統(tǒng)普京修訂《國防法》，重新調(diào)整國防部長和總參謀長的關(guān)系，把原來《國防法》規(guī)定的“國防部長通過國防部和總參謀部隊武裝力量實施指揮”，改為“國防部長通過國防部對武裝力量實施指揮”的原則。同時規(guī)定國防部長對總參謀部的活動實施領(lǐng)導。這就意味著，俄羅斯軍隊領(lǐng)導體制中，將領(lǐng)導權(quán)集中到國防部長手里，總參謀部被定位為國防部的軍事指揮機關(guān)，國防部長和總參謀長某種“平起平坐”的現(xiàn)象不再存在，領(lǐng)導指揮關(guān)系得以理順。此后，俄軍高層的矛盾大幅減少。
從2004年開始，俄軍剝離了總參謀部的大部分行政功能，將之交給國防部其他部門負責，實現(xiàn)了國防部與總參謀部之間軍政與軍令系統(tǒng)的適度分離。自此，俄羅斯軍隊的改革才走上了快車道。
適應聯(lián)合作戰(zhàn)合并重組軍區(qū)，剝奪軍種作戰(zhàn)指揮權(quán)
二戰(zhàn)后歷次戰(zhàn)爭證明，戰(zhàn)爭的基本類型已經(jīng)從世界大戰(zhàn)向局部戰(zhàn)爭和武裝沖突轉(zhuǎn)變，加之信息和網(wǎng)絡技術(shù)的高度發(fā)展，客觀上要求軍隊大幅提高指揮效率，建立聯(lián)合作戰(zhàn)指揮體制成為各國的普遍做法，同時不斷下移聯(lián)合作戰(zhàn)指揮重心。俄羅斯在聯(lián)合作戰(zhàn)體制方面探索了近20年，直到2008年的“新面貌”改革才取得突破性進展。
俄羅斯的軍區(qū)制由來已久，軍區(qū)制的改革是一個繞不開的話題。蘇聯(lián)時期，蘇軍曾設立過多達30多個軍區(qū)，蘇聯(lián)解體后，俄羅斯將其縮減為8個，后又重組為莫斯科、列寧格勒、北高加索、伏爾加河沿岸-烏拉爾、西伯利亞和遠東6個軍區(qū)。俄軍原有軍事指揮體制繼承自蘇軍，集作戰(zhàn)指揮和行政管理權(quán)于一體，職能和機構(gòu)重疊，難以適應聯(lián)合作戰(zhàn)快速高效的要求。
俄羅斯軍隊一直希望建立類似美軍那樣的戰(zhàn)區(qū)聯(lián)合作戰(zhàn)指揮體制。在戰(zhàn)役層級，俄軍在1997年就規(guī)定了軍區(qū)聯(lián)合作戰(zhàn)指揮的職能，但由于軍種不肯交出指揮權(quán)，建立的戰(zhàn)略-戰(zhàn)役司令部變成了一個有名無實的空架子。相關(guān)的改革一直停留在增減軍區(qū)數(shù)量上，沒能建立具有實質(zhì)意義的戰(zhàn)區(qū)聯(lián)合作戰(zhàn)指揮體制。
2008年的俄格戰(zhàn)爭，暴露出俄軍無法有效地組織起黑海艦隊和陸軍以及空軍部隊的戰(zhàn)場協(xié)同、聯(lián)合指揮效率低下等問題。俄軍因此下定決心對軍區(qū)體制進行改造，使之成為戰(zhàn)略方向上的戰(zhàn)略-戰(zhàn)役聯(lián)合指揮機構(gòu)。
俄軍啟動“新面貌”改革后，改革設計者基于此前的改革經(jīng)驗教訓認識到，軍區(qū)體制既不能拋棄，也不能原樣不動，應該依托軍區(qū)改造軍區(qū)。為此，2010年12月1日，俄軍宣布將原來的6大軍區(qū)合并為4大軍區(qū)，即西部軍區(qū)、東部軍區(qū)、南部軍區(qū)、中部軍區(qū)。此次改革對軍區(qū)職能和戰(zhàn)略-戰(zhàn)役指揮關(guān)系進行了幾項大刀闊斧的改革：首先，俄軍在軍區(qū)司令部基礎上組建聯(lián)合戰(zhàn)略司令部；其次，軍種司令部退出作戰(zhàn)指揮鏈，總參謀部和軍種原來涉及的戰(zhàn)區(qū)層級指揮權(quán)交由軍區(qū)負責；另外，修改軍區(qū)條例，統(tǒng)一指揮權(quán)，從法律上規(guī)定聯(lián)合戰(zhàn)略司令部，即軍區(qū)機關(guān)對戰(zhàn)區(qū)轄區(qū)范圍內(nèi)陸海空常規(guī)力量和其他強力部門部隊實施統(tǒng)一指揮。至此，經(jīng)過十多年的探索，俄羅斯的戰(zhàn)區(qū)聯(lián)合作戰(zhàn)指揮體制終于成型。
這次的軍區(qū)改革，雖然字面上仍然叫“軍區(qū)”，但此“軍區(qū)”概念的內(nèi)涵已不同以往。改革后的每個軍區(qū)就是一個戰(zhàn)區(qū)，也代表著一個戰(zhàn)略方向，實現(xiàn)了軍區(qū)、戰(zhàn)區(qū)與戰(zhàn)略方向的統(tǒng)一。軍區(qū)轉(zhuǎn)變?yōu)槁?lián)合戰(zhàn)略司令部，軍區(qū)司令統(tǒng)一指揮戰(zhàn)區(qū)內(nèi)除了戰(zhàn)略核力量以外的所有常規(guī)力量，包括空海軍。空海軍司令的作戰(zhàn)指揮權(quán)上交到總參謀部，由于陸軍原本就沒有作戰(zhàn)指揮權(quán)，故而陸海空三個軍種司令部全部退出作戰(zhàn)指揮鏈，專事“養(yǎng)兵”，也就是負責各類軍事行政業(yè)務。
不過，這項讓軍種司令部放權(quán)的改革遇到的阻力可想而知，改革設計者為此不惜動用強硬手段。改革中，為了建立以聯(lián)合戰(zhàn)略司令部為重心的戰(zhàn)區(qū)聯(lián)合作戰(zhàn)指揮體制，總統(tǒng)梅德韋杰夫和國防部長謝爾久科夫面對來自軍種的阻力絕不妥協(xié)，強行將軍種中央指揮所并入總參謀部，軍種總司令退出作戰(zhàn)指揮鏈。為了確保軍種順利交權(quán)，梅德韋杰夫甚至于同一天解除了空軍和海軍總司令的職務，有力地震懾了改革的反對者。