2001年，金章洙外放為韓國陸軍第7軍軍長，兩年后再次“回流”聯合參謀本部。2005年4月，金章洙出任韓國陸軍第37任總參謀長。次年11月，他被時任總統的盧武炫提拔為韓國第40任國防部長。
2008年2月，金章洙以美韓聯合司令部副司令的身份退役，并于同年加入李明博總統所在的大國家黨（即如今的新國家黨）。他對該黨新崛起的新星樸槿惠非常看好，不遺余力地為其打開與軍隊高層的交往渠道。
在當前朝鮮半島危機持續升級的背景下，樸槿惠之所以重用軍人出身的金章洙還有一個重要原因，那就是他與平壤之間有著某種歷史聯系。據稱，2007年11月27日，時任韓國國防部長的金章洙隨總統盧武鉉飛抵平壤，參加了朝韓國防部長級會談，并曾與當時的朝鮮最高領導人會面。在那次首腦會談中，因與朝鮮領導人禮節性握手時沒有低頭，顯得頗為“傲氣”，金章洙居然由此在國內獲得了“強硬將軍”的別稱。對此，金章洙在五年后向韓國記者解釋說，“我跟人握手的時候本來就沒有低頭的習慣，況且我作為統帥60萬國軍的國防部長，怎么能向對方低頭呢？”
有分析稱，樸槿惠可能有意通過任用金章洙等強硬派，向外界傳遞一個信息，那就是韓國決心對朝鮮實施“強力應對”。同樣，作為精通處理韓美關系的軍方大佬，金章洙或許也將在韓美共同應對朝核危機時發揮關鍵作用，只是這種作用將把朝鮮半島的局勢引向何方，目前還難定論。