基線系統是一種水下導航定位系統，分為長基線、短基線、超短基線3種。這些系統都需要多個基元，基元之間的連線稱為基線，根據基線長度可判斷屬于哪類系統。長基線系統由于其基線很長，所以定位精度高，采用長基線定位系統跟蹤潛水器或為其導航，其最大的優點是在較大的范圍內和在較深的海水中，導航定位具有較高的精度。
6月28日“蛟龍”下潛至海底后，先向南航行900米，再向東航行300米，再向北航行900米，最后向西航行300米，走了一個“口”字，以測試長基線定位系統。
隨航科學家中國科學院聲學研究所研究員朱敏說：“長基線定位系統繪制出了潛水器航行的方格軌跡，重復性測試結果也很好，在20多分鐘內，長基線測定的潛水器位置誤差很小。”
據朱敏介紹，“蛟龍”號水下定位依靠兩套聲學定位系統：超短基線和長基線定位系統。在1000米~7000米海試中，“蛟龍”號主要用超短基線定位。這個航次的主要任務之一就是進行長基線定位系統測試。超短基線與長基線相比，操作相對簡單，不需要布放信標，但長基線比超短基線定位系統精度高。
朱敏說，距離越遠，超短基線定位的誤差就越大，通常誤差在2‰至1%，如果下潛到7000米，誤差可能達百米，而長基線精確度可保證誤差不超過1米。長基線的缺點是需要投放信標，費時費力，作業區域固定；而超短基線則比較靈活，因此要根據作業任務的特點來確定用哪種定位方式。