軍統(tǒng)主要對付共產(chǎn)黨，如1949年11月14日，中共黨員江竹筠在重慶渣滓洞監(jiān)獄被保密特務(wù)處決。

　　1949年后大陸

　　1949年國民政府撤退到臺灣后，一部分軍統(tǒng)留在大陸進(jìn)行暗殺，破壞，情報(bào)等活動。克什米爾公主號就是保密所為。中華人民共和國政府對軍統(tǒng)嚴(yán)厲鎮(zhèn)壓，鎮(zhèn)壓反革命運(yùn)動中，軍統(tǒng)在大陸人員，除了與中華人民共和國政府合作者，一律槍決或重刑。到1950年代中，軍統(tǒng)在大陸大致肅清。

　　以后的政治運(yùn)動中，如肅清反革命運(yùn)動、四清運(yùn)動、清理階級隊(duì)伍運(yùn)動(文化大革命運(yùn)動的一段插曲)，一次又一次追查殘余軍統(tǒng)人員以及和懷疑曾和軍統(tǒng)有關(guān)的人物，“活人要落實(shí)到人頭，死人要落實(shí)到墳頭”。到1976年后，不再提及軍統(tǒng)。

　　遷臺后的軍統(tǒng)局

　　1949年國府遷臺。1950年，保密局恢復(fù)正式編組，于臺北士林芝山巖設(shè)立局本部，持續(xù)執(zhí)行情報(bào)搜集，并參與臺灣省工作委員會案及臺北市工作委員會案等案件。1955年，情報(bào)機(jī)構(gòu)改制。保密局改組為國防部情報(bào)局。保防偵查等業(yè)務(wù)撥歸“司法行政部調(diào)查局”接管(今法務(wù)部調(diào)查局)。一般說來，該階段先后實(shí)際執(zhí)行者為毛人鳳與蔣經(jīng)國。

　　1984年發(fā)生江南(微博)案，當(dāng)時(shí)之情報(bào)局長汪希苓亦被捕入獄，情報(bào)局再次大改組。1985年7月1日，情報(bào)局與國防部特種情報(bào)室并編成立軍事情報(bào)局，隸屬國防部參謀本部，受參謀總長直接指揮。

　　軍統(tǒng)內(nèi)的紅粉軍團(tuán)

　　為了在抗戰(zhàn)中執(zhí)行特殊任務(wù)，戴笠在軍統(tǒng)內(nèi)部組織和發(fā)展一支由青春少女組成的“紅粉兵團(tuán)”。其中，有號稱軍統(tǒng)電譯專家的女少將肖毅英；有人稱“關(guān)東黑牡丹”的女教官徐宵白；有天生麗質(zhì)、誤入軍統(tǒng)巢穴卻又不甘沉淪的單純女學(xué)生姚美齡；有中央大學(xué)才華橫溢的高材生、被戴笠霸占又遭拋棄的英文秘書余淑衡；有癡于一夜之情至死不肯醒悟的女特務(wù)周志英；有槍法嫻熟、在敵偽孤島勇刺漢奸的女殺手蔣美美；有被戴笠染指又打入冷宮的朝鮮族女保鏢金淑子。（新浪網(wǎng)）