后來，明末起義軍首領張獻忠進入四川一帶，燒殺擄掠。年過花甲的秦良玉再次披掛上陣，風采不減當年。她率領白桿兵，連戰連捷，解除太平之圍，扼反將羅汝才于巫山，斬叛帥東山虎于譚家坪，使張獻忠的軍隊在川地吃盡了苦頭。然而，由于川地屢經兵災，府庫空乏，損耗的兵力和糧餉無法補充；而起義軍勢力強大，潮水般涌進川蜀，在整個戰局上，官兵是無法取勝的。秦玉良萬般無奈，只有退保石柱一地。面對著無奈的戰局，英勇善戰的秦玉良也只能哀嘆“大廈將傾，一木難支”。
此時，北京城已被李自成所率領的義軍攻破，明思宗自縊于煤山，大明皇朝在風雨飄搖中終于壽終正寢。李自成入主京城，張獻忠則想牢牢控制住川蜀，以作為自己的根據地。張獻忠東征西戰，鐵蹄所至，幾乎囊括了全蜀，卻唯對石砫彈丸之地無可奈何。已68歲高齡的秦良玉，帶著她手下歷經百戰的白桿兵，不畏強暴，誓死抗拒。這時的石柱孤立無援，如同汪洋大海中的小舟，隨時都有被吞沒的危險。秦良玉對自己的部眾說道:“吾兄弟二人皆死王事，吾以一孱婦蒙國恩二十年，今不幸至此，其敢以余年事逆賊哉！”并下令:“有從賊者，族無赦！”她從容不迫，分兵鎮守四境。張獻忠對四川各地土司都成功招降，卻“獨無敢至石柱者”。一直到張獻忠敗亡，他的起義軍終沒能踏入石柱半步。
清順治五年（1647年），端陽節過后，75歲的秦良玉在一次檢閱過白桿兵后，剛剛邁下桃花馬，便“身傾，遂歿”，無可奈何花落去，結束了她戰功赫赫的傳奇人生。
史載，當時四川久經戰亂，百姓十室九空，川東地方（石柱除外）僅剩數萬人，新建立的清朝廷最終不得不從湖廣大規模移民。而在秦良玉的保護下，石柱成為當時渝東人民遠離兵燹之苦的唯一樂土，附近豐都、忠縣、梁平、萬州等地民眾紛紛進入石柱避難，至清初戰亂初步結束，石柱人口不但沒有減少，還增加了近十萬人，與整個川東地區所剩人數形成對比。一代文豪郭沫若因此曾賦詩稱贊秦良玉是“石柱擎天一女豪”。
根據重慶有關部門對秦良玉所遺留下來的衣物等遺物測定，其身高約1米86左右。
后人寫過無數歌頌這位傳奇女杰的詩篇，而歌頌秦良玉最讓人感動的詩篇，當出自清末女英雄秋瑾。二人同為巾幗女兒身，英雄相惜，自然別有一番真味在詩中:
其一:古今爭傳女狀頭，誰說紅顏不封侯。馬家婦共沈家女，曾有威名振九州。
其二:執掌乾坤女土司，將軍才調絕塵姿。花刀帕首桃花馬，不愧名稱娘子師。
其三:莫重男兒薄女兒，平臺詩句賜娥媚。吾驕得此添生色，始信英雄曾有此。