不過杰克·薩利如果要加入Na'vi族人對抗人類入侵者的戰爭，要付出很大的代價：他不能永遠呆在“化身”中，當“化身”——克隆Na'vi人睡覺時，他就會回到自己半身不遂的人類身體中，只有通過專門的連接設備才能重新回到“化身”中。一旦與自己的同胞為敵，他就失去了與“化身”結合的可能，只能困在殘疾的身體里，并失去那個他越來越喜歡的Na'vi女孩。
最后，人類在利益的驅動下，派遣了戰機去摧毀Na'vi族人所生存的一棵巨樹，盡管杰克等人一再爭取希望可以不要那么做，但是采礦公司還是決意要去摧毀。杰克與他們協商，自己去和Na'vi族人交涉，讓他們離開那顆大樹，然而當他說明了一切之后，Na'vi族人都很憤怒，特別是杰克喜歡的那個Na'vi族人女孩也是很憤怒，Na'vi族人就把杰克和一名女教授一起捆在了刑架上了。采礦公司派遣的戰機發現他們協商失敗了。于是就下令開火，摧毀了他們前進的障礙——Na'vi族人賴以生存的那棵巨樹，Na'vi族人的領袖也被炮火炸死。
沒有了生存之地的Na'vi族人被迫暫居神樹之下。而杰克等人的正義行為因為和采礦公司的利益相沖，被他們關了起來。后來，他們借機駕機逃跑了，杰克騎著“魅影”到達了Na'vi族人暫居的神樹下，呼吁Na'vi族人作出反抗，他終于又得到Na'vi族人的信任。在他的呼吁下，他們聯絡了潘多拉星球上了其他民族的人，一起組建了一支幾千人的反抗軍，形成了陸空兩路的防線。采礦公司的軍隊也發現了Na'vi族人的反抗跡象，他們迅速裝填了大量的高烈性炸藥，準備提前消滅Na'vi族人。于是，Na'vi族人的反抗聯盟和采礦公司的軍隊展開了血戰，結果，Na'vi族人反抗軍最終打敗了人類，而人類的軍隊指揮也被殺死，Na'vi族人在杰克的幫助下，將遣送采礦公司全部離開潘多拉星球。在Na'vi的精神領袖的帶領下，Na'vi族人用自己的感受器（辮子）與神樹相連，借助神樹的力量，將杰克·薩利的精神（靈魂）轉移到他的阿凡達身上，杰克最終成為了這個星上Na'vi人的領袖。故事到這里就結束了。