英國牛津大學研究群體演化的安迪·加德納就是反對者之一。他說：“我想說，大部分演化生物學家都會同意，（宿主與微生物之間）肯定存在大量合作，但它們之間也有沖突，微生物有時也會對宿主做一些不利的事情，因此我不太傾向于把它們納入一個整合的生物體。”
對此持懷疑態度的人們還有另外一條理由——這是早已被證明的“錯誤”結論。19世紀初，讓·巴蒂斯特·拉馬克曾提出一套演化理論，認為生物能夠把有生之年里獲得的適應性特征傳給后代。盡管達爾文也有過類似想法，但隨著現代遺傳學的發展，這樣的觀點已經被推翻了。
但羅森伯格堅持：動物有時候能夠把后天獲得的特征遺傳下去，這個過程是可以用實驗來驗證的。羅森伯格與學生嘗試重復了一項前人的實驗——改變果蠅的飲食，觀察其后代是否會改變擇偶標準。他們發現，兩代之后，以糖漿為食的果蠅不再與以淀粉為食的果蠅交配。但使用“利福平”殺死果蠅的細菌后，“淀粉果蠅”與“糖漿果蠅”又交配在了一起。這或許說明，微生物對宿主的繁殖和擇偶非常重要。
盡管自然選擇解釋了物種如何隨時間變化，但對解釋新物種最初如何產生這個問題卻束手無策。達爾文在《物種起源》中也沒有講清楚這個問題。
一般而言，生物學家把一群能夠相互交配產生后代的相似生物定義為一個物種。這樣也意味著，任何能夠阻止生物種群交配的因素，都有可能導致新物種的形成，例如一條山脈的崛起；一座島嶼同大陸的分離；擇偶偏好的改變；某種基因突變導致兩個品種雜交產下的后代無法存活……盡管這其中的大多數細節都還存在大量爭議，但如果飲食變化導致腸道細菌的改變，進而影響了果蠅擇偶的偏好，那么從理論上講，這就有可能導致一個物種一分為二——出現新的物種。
這種情況還有待證明。美國斯沃斯莫爾學院的演化生物學家斯科特·吉爾伯特就對此提出了質疑，“我認為我們還沒有任何證據能夠證明，確實有物種由于微生物而形成”，“我還得不出那樣的結論”，“我只能說，共生生物有能力提供可以被自然選擇的多樣性。”美國芝加哥大學的演化生物學家杰瑞·科因非常贊同斯科特·吉爾伯特的觀點，“我幾乎找不到任何內共生菌導致物種形成的例子，卻能列出一大堆生物基因改變產生新物種的例證。”
美國紐約賓漢頓大學研究群體選擇的戴維·斯隆·威爾遜也認為，就算真的證明共生微生物在新物種的形成過程中起著重要作用，那也不一定就支持把生物看成是“擁有全基因組的超有機體”這一觀點——物種形成可能只是微生物操縱宿主而帶來的副產物，并不是微生物和宿主為了共同利益一起演化的結果。
對于這些質疑，羅森伯格的回應是：“話說得沒錯，但我們的研究才剛剛開始。”羅森伯格認為現在甚至不知道大多數動物身上都有哪些微生物，更不用說理解它們在進化中所起的作用了。“我們以往傾向于把微生物與核基因分開對待，但我認為現在的一些研究證明微生物與核基因組同樣重要。”波登斯坦說，“至少目前來看，復雜生命的‘共生’概念，還會在基礎生物學和生物醫學領域長久地存在下去。”