馬王堆漢墓女尸千年不朽曾使人們發生聯想:秦始皇的尸體是否依然如故?史書記載，秦陵地宮已穿越了“三泉”，地宮內部肯定有堵塞或排除地下水的設施。有的專家推斷，秦陵地宮的地下水是先用冶銅錮其內，再塞以紋石，其次徐漆，最后涂丹，從而堵塞了地下水，防止地下水滲人地宮內。這種推斷固然有其道理，但僅憑這樣的辦法能否徹底堵絕地宮內的滲水則引起了不少研究者的懷疑。
史書上記載了這樣的一個傳說:秦始皇駕崩后，胡亥怕 “沙丘之謀，’泄露，眾公子爭奪自己的皇位，于是假傳秦始皇遺旨，命眾公子殉葬。之后.又命后宮妃殯沒有生子的也一同殉葬。胡亥命人將無子的妃殯全部帶人秦始皇陵園，以武力強行驅人地宮深處，然后胡亥命令工匠把地宮第一層宮門封閉了，妃嫉均死于地宮內。當工匠把地宮之門封閉到最后一層時.為怕地宮秘密泄露，胡亥心生毒計，下令所有參加修建陵的工匠、刑徒到地宮領賞。當工匠、刑徒云集到地宮時，胡亥又命令軍兵侍衛就將最后一道宮門封閉，工匠刑徒又成為秦始皇的殉葬品。傳說只有一位年輕的工匠逃了出來，原來地宮內通向外面的水道是這位工匠親自設計而成的，被閉于地宮后，他悄悄地潛人水道爬了出來。這個傳說令研究者對秦陵地宮之間有沒有排水道的問題進行不斷地探尋和思考。有一位地質學家還大膽地提出了這樣一個觀點:秦始皇陵以北 3里的秦代魚池遺址就是為了掩護地宮排水管道出水口的。如果秦陵地宮有嚴密的防水設施或排水管道，再加上彌漫在墓內的高濃度汞蒸汽，可使人葬的尸體和隨葬的物品長久保持不腐，那么秦始皇的尸體保存完整還是有可能的
從布局上看，秦始皇陵儼然一個活生生的現實社會，內外城墻、寢殿、官署、珍獸坑、馬廄坑等等應有盡有。但令人不解的是，陵園內沒有發現皇后陵。有人認為，這是由于秦始皇死后皇后仍健在，秦王朝又很快覆滅了.倉促之中皇后也沒安葬在陵園內。如果這樣的話，在陵園內應該有預留的皇后陵的位置，而從現在秦陵的布局來看，根本沒有皇后陵的插足之地。為什么秦始皇死后不需要皇后的陪伴呢?有人推Mil:這是由干秦始皇未成年時太后專權，與奸黨釀成叛亂。有鑒于此，秦始皇當政以后有意降低皇后的身份，不使皇后出頭露面，在修陵園時也是一墓獨尊，不留皇后的驀穴。確實，從古代文獻記載來看，也不見秦始皇的皇后名字，秦始皇的皇后是誰，在歷史上還是一個謎。