但戴季陶對(duì)毛澤東來(lái)到重慶和對(duì)他的拜訪，“表示敬重”，并對(duì)毛澤東的重慶之行“寄予熱切的期望”。為盡地主之誼，他還請(qǐng)張治中代約時(shí)間宴請(qǐng)毛澤東，他在邀請(qǐng)信中說(shuō)：“……前日毛先生惠訪，未得暢聆教言，深以為歉！……一別二十年，一切國(guó)民所感受之苦難之解決，均系于毛先生此次之欣然惠臨重慶，不可不一聚也。”9月30日晚，毛澤東、周恩來(lái)等人應(yīng)邀出席了戴季陶的宴會(huì)。席間，他們僅敘往年共事之友情，不談其他的敏感話題。
1946年春，戴季陶隨國(guó)民政府從山城重慶還都南京，他率屬員返抵原考試院舊址辦公。這時(shí)該地呈現(xiàn)一片破敗不堪的景象，使他感嘆不已。1947年6月南京國(guó)民政府改組，他繼續(xù)任考試院院長(zhǎng)。此間，他的神經(jīng)衰弱癥復(fù)發(fā)，整日郁郁寡歡。內(nèi)戰(zhàn)爆發(fā)后，他認(rèn)為共產(chǎn)黨的勢(shì)力日益發(fā)展壯大，會(huì)取代國(guó)民黨。為此他向蔣介石進(jìn)言：“今茲倭寇降而共匪熾，正與捻匪當(dāng)年局勢(shì)無(wú)殊，故戰(zhàn)后艱難將十倍于戰(zhàn)時(shí)，不可掉以輕心。”他極力反對(duì)國(guó)共談判，曾對(duì)蔣介石說(shuō)“切不可視共產(chǎn)黨為合法之團(tuán)體，匪首為正當(dāng)之人物，言論為正當(dāng)之道理”。 三大戰(zhàn)役結(jié)束后，國(guó)民黨的精銳部隊(duì)全部喪失，戴季陶非常痛心，向左右哀嘆：“時(shí)局日下，衰病之身，毫無(wú)所補(bǔ)，每一念及，則深惶汗。”
1949 年1 月21 日，蔣介石被迫下野，辭去總統(tǒng)職務(wù)。蔣介石下野后不久，就布置黨政軍要員撤往臺(tái)灣。當(dāng)有關(guān)人員通知戴季陶去臺(tái)時(shí)，他一口拒絕：“不去了，但愿回四川老家以竟終年，伴父母于九泉，盡人子之責(zé)。”1949 年2 月10 日，他對(duì)秘書(shū)說(shuō)：“國(guó)軍難以據(jù)守西南，四川必為共產(chǎn)黨所得。他們不會(huì)放過(guò)我，我也不甘當(dāng)他們的階下囚。”身病加心病的戴季陶，既不愿隨蔣介石殘喘臺(tái)灣，又怕成為共產(chǎn)黨的俘虜。1949 年2 月11 日，他終于吞服安眠藥自殺。